L’Assemblée Générale Annuelle (AGA) est ouverte à tous les membres cotisants ; cependant, seuls les représentants de classe élus ont le droit de vote.

L’Assemblée Générale élit le Conseil d’administration de l’APEEE et examine le rapport d’activité et la situation financière (avec l’approbation des comptes annuels et des cotisations) pour chaque année académique. Ses décisions et recommandations sont contraignantes pour les organes et les membres de l’APEEE. Il se réunit généralement une fois par an au cours du premier trimestre scolaire. Si les représentants de classe ne savent pas être présents à l’AGA, l’APEEE prévoit un système de procuration est prévu.